В настоящее время в составе Координационного транспортного совещания государств-участников СНГ действуют:

• Совет по автомобильному и городскому пассажирскому транспорту, 
• Совет по безопасности на транспорте, 
• Совет по морскому и внутреннему водному транспорту, 
• Совет по информатизации на транспорте, 
• Совет по международным транспортным коридорам СНГ,
• Совет по образованию и науке.

Совет по образованию и науке с момента своего образования осуществляет свою деятельность на базе ФГАОУВО Российский университет транспорта. (Ранее Московский институт инженеров железнодорожного транспорта  - МИИТ).

На 83-м заседании Экономического совета СНГ 13 сентября 2019 г. принято решение о придании ФГАОУВО «Российский университет транспорта» статуса базовой организации СНГ в области профессиональной подготовки и научно-технического обеспечения развития транспортного комплекса.

Работа отраслевых Советов КТС СНГ ведется   в соответствии с принятыми планами и направлена на выполнение функций и задач, определённых Положениями о Советах.