Рабочим органом КТС СНГ является Исполнительный комитет КТС СНГ, возглавляемый на постоянной основе председателем. Он и его заместитель избираются на заседании КТС СНГ.

Местом нахождения Исполнительного комитета КТС СНГ является город Москва.

Финансирование расходов на деятельность Исполнительного комитета КТС СНГ и содержание его аппарата осуществляется транспортными министерствами, ведомствами государств – участников СНГ за счет внебюджетных источников, а также ассоциированными членами.

Председателем Исполнительного комитета КТС СНГ является Александр Александрович Давыденко.