Рабочим органом КТС СНГ является Исполнительный комитет КТС СНГ, возглавляемый на постоянной основе председателем. Он и его заместитель избираются на заседании КТС СНГ.

Местом нахождения Исполнительного комитета КТС СНГ является город Москва.

Финансирование расходов на деятельность Исполнительного комитета КТС СНГ и содержание его аппарата осуществляется транспортными министерствами, ведомствами государств – участников СНГ за счет внебюджетных источников, а также ассоциированными членами.

Председателем Исполнительного комитета КТС СНГ является Александр Александрович Давыденко.

Базовые организации СНГ

Базовая организация государств – участников СНГ в области методического обеспечения дополнительного обучения на профессиональную компетентность международных автомобильных перевозчиков государств – участников СНГ  –Академия Ассоциации международных автомобильных перевозчиков. Решение о придании статуса базовой организации принято Советом глав правительств СНГ 22 мая 2009 г.

Решением Экономического Совета Содружества Независимых Государств от 13 сентября 2019 года Российский университет транспорта получил статус базовой организации государств – участников Содружества Независимых Государств в области транспортного образования и научно-технического обеспечения развития транспортного комплекса.

Положение о базовой организации государств – участников Содружества Независимых Государств в области транспортного образоваия и научно-технического обеспечения развития транспортного комплекса (Российский университет транспорта)